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深度学习可改善对EHR中不良药物事件的识别

时间:2020-05-14 12:02 作者:金同林

使用深度学习模型,马萨诸塞州洛厄尔大学的研究团队能够显着改善从电子健康记录(EHR)中提取不良药物事件(ADE)的能力。

研究结果强调,深度学习可以帮助更好地识别ADE,ADE是造成患者和设施昂贵的伤害,也是住院的主要原因。

在测试过程中,该模型获得的F1分数(衡量准确性)为65.9%,超过了现有的最佳ADE提取模型。根据JMIR Medical Informatics中发表的研究,该模型的准确性仅为61.7%。

“我们的深度学习模型取得了最先进的结果,大大高于药物,适应症和不良药物事件(MADE)1.0挑战赛中最佳系统的结果,”该系的Hong Yu博士马萨诸塞州洛厄尔大学计算机科学系教授,以及相应的作者或相关研究,等。写道。“深度学习模型可以显着提高与ADE相关的信息提取的性能。”

据研究人员称,ADEs被描述为由药物干预引起的伤害,约占所有住院人数的41%。因此,ADEs通常还会延长住院时间,从而增加了设施的经济负担。例如,研究人员说,一家拥有700个床位的医院的ADEs的年度费用约为560万美元,这就是为什么ADE检测和报告对于药物安全性监测“至关重要”的原因。

传统上,使用FDA不良报告系统(FAERS)发现ADE。但是,漏报和漏药模式是与FDA系统相关的最常见挑战。该系统还存在其他不利因素。

“首先,FAERS报告的目标和内容会随着时间而变化,这可能会使医生和公众感到困惑,” Yu等人。写道。“第二,患者可能选择不提及某些反应,这是由于执业医师未能报告这些反应。第三,潜伏期长或产生异常症状的ADE可能无法识别。”

对于他们的深度学习模型,研究人员使用MADE 1.0 Challenge数据集对其进行了培训和测试,该数据集包含1000多个癌症患者的EHR注释。

“我们的所有模型在MADE 1.0挑战赛中都优于现有系统,这可能是由于以下原因:首先,我们的模型受益于能够从数据中学习得更好的深度学习,” Yu等人。写道。“第二,我们丰富了深度学习模型的功能;因此,我们的模型优于使用与我们类似的深度学习模型的系统。”

在看到令人鼓舞的结果之后,研究小组表示相信他们的“结果可以促进ADE检测,(自然语言处理)和机器学习的研究。”

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